Les conquistadors espagnols, en quête de terres riches, ne firent qu'un bref passage sur les Abacos, alors appelées "Habacoa" enrôlant les indiens pour les mines d'or des îles plus riches, et décimant la population.

Au cours du XVIIè et VIIIè les pirates prennent l'habitude de mouiller dans les eaux des Abacos. Il faut attendre le XVIIIè siècle pour voir les îles se coloniser. Elles sont peuplées par des immigrants loyalistes anglais et des colons américains noirs et blancs fuyant la révolution américaine. En août 1783, les premiers colons débarquèrent à Treasure Cay du navire Nautilus  en provenance de New York. Ils établissent un village  qu'ils baptisent Carleton, du nom du commandant des forces armées  britanniques en Amérique et deviennent de prospèrent pêcheurs.

Plus tard d'autres colons viennent grossir leurs rangs; des centaines de loyalistes débarquent de Caroline du Nord et du Sud, de Georgie, de Floride. Déçus par la qualité du sol qui ne permet pas d'établir les plantations dont ils rêvent  ils quittent peu à peu les Abacos, d'autres plus opportunistes  et sans scrupules survivent en pillant les bateaux qui s'échouent sur les bancs de sable et les récifs coralliens. 

La  vente des produits de pillage permet de développer une activité commerciale florissante. Green Turtle Cay devient la capitale des pillards. Cette activité perdurera jusqu'à la construction du phare en 1836.

Certains colons s'établissent petit à petit sur les îles voisines et fondent Marsh Harbour, les actuels habitants des îles sont les descendants de ces pionniers.